有時，係統中的水不是在充滿狀態，此時必須通過不帶壓衝洗的方法排淨空氣，如果不排淨空氣，就容易產生“水錘”的現象而損壞膜元件。正常運行後觀察反滲透裝置的產水流量及工作壓力、電導率等來判斷反滲透膜是否汙堵，根據產水流量及濃水流量來判斷產水量是否能達到所設計的標準，工作壓力通常在8-11kg都屬正常現象，產純水電導率是否達到用水要求，通常以上幾點都能初步判斷出反滲透膜是否有汙堵現象。
而汙堵之後如若不及時用化學藥劑清洗，會造成反滲透膜的汙堵越來越嚴重，最後導至反滲透膜報廢，當然就算是清洗，也不能清洗得過於頻繁，這也很容易造成反滲透膜穿孔。穿孔之後不管如何清洗都不會有任何效果。洗膜的藥劑酸和堿，酸包括：檸檬酸、草酸等等，堿包括：氫氧化鈉等等。
